駅伝2014

今年も駅伝の季節がやってまいりました。
去年は9位だったということで、今年の目標は8位！ということで普段から練習しておりました。そしてついに臨んだ本番、果たしてその結末は・・・！？



11/30(土)　駅伝開催日

雨で延期となりました。残念です。個人的には前日まともに寝れてなかったので丁度よかったかも
駅伝は延期ですが、前日におでんの仕込みをしてしまっていたため、おでん会のみを開催しました。

駅伝が延期になり行き場を無くしてしまった悲しいおでん達

研究室のみんなによっておでん達は無事成仏しました

あらためて来週頑張りましょう！ということでこの日は解散です。

12/6(日)　駅伝予備日

新・情報系１号館と、見るからに寒そうな空

めでたく晴れました。しかし駅伝をするような気温ではないことは確かでした。
水たまりには平気で氷が張っているほどでしたが、普段から鍛えられている青葉山の民たちはこんなことではへこたれません。沢山の研究室が早くから集まって準備運動をしていました。

いよいよ出走。

左から３番目の赤いタスキの人物が、我らが木下研の第１走者・安澤くんです。

位置について、よーい・・・

どん！

第1走者・安澤くん

第1走者というプレッシャーのなか上位をキープして完走！

第2走者・三浦さん

走者としての出場は今年が初めてだった三浦さんには、職員枠として出場していただきました。ありがとうございました。来年もお願いします

第3走者・中村さん

今年も走っていただきました。最後の駅伝お疲れ様でした！野球大会もお願いします


第4走者・大林先生

学生に混じってエース区間を走る大林先生。職員枠でこの速さは相当なアドバンテージ！

第5走者・神さん

今年初出場の神さん。仕事の合間をぬって練習に参加していただきありがとうございました！

第6走者・佐藤くん

↑走っている写真が無かったのでおでんを準備する佐藤くんの写真

佐藤くんは帰りのバスの時刻と闘いつつ日々練習を頑張っていました。弓道部時代はフォームが乱れてしまうのであまり走ってはいけなかったらしい。走ってくれてありがとう。

第7走者・水谷さん

今年の駅伝監督！本来の日程では授業があって出場できなかったはずだったのですが、雨で延期になったことにより急遽出場可能に。この時点で恐らく10位くらいでした！いよいよ終盤戦へとさしかかります。

第8走者・池野

なんかすごい格好で走っているのは寒いからです。

ずっと上り坂で辛くて途中で心が折れかけました。しかし2人くらい追い抜けたので満足しています。走り終わった後に足をつりました。

第9走者・小館くん

このあたりになってくるとどのチームも速い人を揃えてくる中で大健闘。下り坂は滑って危ないコンディションの中、無事走りきってくれました。

第10走者(アンカー)・齊藤さん

そしてついにその時が・・・

きたー！！

ついにゴール！

どこいくんですか？

おつかれさまです

さて、順位は・・・

うけとった紙には「９」の文字が・・・惜しくも目標達成ならず・・・？

かとおもいきや、とあるチームがオープン参加だったため順位が繰り上げとなり、公式記録は「８位」となりました！目標達成！

うちの研究室は毎年のように順位を上げてきていたので、さすがにそろそろ厳しくなってくるんじゃないかとちょっぴり思っていましたが、まさか本当に達成できるとは。凄い！

ゴール後に記念撮影。補助を行ってくれた皆さんもありがとうございました！

そして表彰式。

駅伝監督のタスキを掛けた水谷さんが賞状を受け取りました。

表彰式を終え、研究室に戻りおでん・・・ではなく今度はきりたんぽ鍋を食べました。

初めて食べましたが美味しかったです

そして最後に、研究室内で最速賞とMVP賞が発表され、時期駅伝隊長も決まりました。

最速賞は大林先生でした。来年は負けません！

僕（池野）はMVP賞をもらえて、来年の駅伝監督にも任命されました。ありがとうございます。

来年も頑張ります

集合写真を最後に。

皆さんお疲れ様でした！お手伝いしてくれた方も本当にありがとうございました！

来年は7位を目標に頑張りましょう！

写真提供：安澤くん、美紀さん

文責：池野

[MBC2014] Nature Podcast(2014/07/10) Cell stress

担当：水谷

参加者 ：7名

概要：STAP細胞に関する捏造が明らかになったことで査読方法の問題点が浮き彫りになった．このことから本稿ではSTAP細胞を例にしてその問題点を整理し，改善方法を検討した．

挙がった議題：
・論文査読の自動化・効率化
・生物学における絶対的な存在の否定
・研究発表方法は論文誌が最適なのか
・遺伝子以外のリプログラミング方法
・実験や研究そのものの自動化の可能性について

議論：生物学における絶対的な存在の否定

・数学の証明みたいにできないか
 　- 数学の場合は基本的に背理法であり，仮定の設定が必要
　　→　そもそも生物では仮定ができない
　　→　”今持っている知識が完全である”という仮定ぐらい
　 - あるタンパク質により生物が壊滅するかどうかがわかればよい？

・生物学における公理は
　- セントラルドグマ（例外も存在する）
　→ 公理は難しいので，ロジックを検証する

・ロジック検証について
　- ギガサイエンス
　　□ データおよびそれを解析するプログラムを一つのパッケージに纏めて
　　　　発行するジャーナル
　　　→　データから結論までの再現性を証明できる
　- 30年後の生物学会
　　□ 実験が自動化され，人間はそのプログラムを書くという時代になるはず
　　□ コントロールを自動的に庵別（現状は査読者依存）
　　□ 自動化が出来れば，paperに書かれるものは著者の理想とか？

　- 再現性や査読方法について
　　□ シークエンスの再現性は高い→デジタルだから
　　□ デジタルではないものにはばらつきが存在
　　　→環境条件だけでも統一できないか
　　　　予備実験を別の業者が行い，再現性を検証
　   □ 査読者は著者が誰であるかがを気にしてしまうので，
　　　著者の匿名化をして査読を行うべき
　　　（すでに情報分野では行われていて，生物学の分野では行われていない） 

[MBC2014] 23章 専門化した組織, 幹細胞と組織の再生

担当：佐藤
参加：7名

概説：
23章は人体を構成する様々な組織でもいくつかの代表例を上げて組織の生成や細胞、その機能について述べられている。

議論点：
なぜ哺乳類は自己再生できないのか

○自己再生する生物
　・トカゲ(ニホントカゲetc) 自切…脊椎骨は再生しない
　・ヒトデ
　・ホヤ
　・タコ
　・プラナリア(扁形動物)
　・メキシコサラマンダー
　・アカハライモリ
　　　→再生には何らかの水分が必要？

○自己再生の障害になるもの
　・再生する時の「場所決め」
　　　人の手は大枠ができてから水かきが消えて手になっていく
　　　指だけ欠損した時、断面から先を指として再生できるのか？
　　　どのようにして判断するのか？
　・身分か状態に戻ることでがん化の可能性が高まる
　　　→高等な生物ではがん化しやすいからできない？

○(自己)再生の技術
　・皮膚の再生(幹細胞がないとダメ)
　・指の再生(細胞外マトリックスの粉？)
　・肝臓の高い再生能力(2/3を切除しても短い期間に元の大きさに再生する)

◇歯の再生について考えてみる
　現在：歯が折れた/欠けた　→　クラウン　インプラント
　理想：歯が折れた/欠けた　→　元通りに再生

　どうすれば再生できるだろうか？
　　→断面を未分化細胞に戻してそこから再生させる？
　げっ歯類の前歯は伸び続ける
　　→どこまで再生すればいいのか(伸び続けては困る)

　
まとめ
イモリの再生を考えた上でヒトでは自己再生できないのかを議論した。議論する中でイモリの自己再生機構の詳細がどうなっているのか疑問が出た。

[MBC2014] Nature Podcast(2014/07/03) Predicting binge drinking

担当：朴

参加者 ：9名

概要：巨大なデータセットによってティーンエージャーの現在または将来のいずれかにお酒をたくさん飲むかどうか予測することが可能だと証明された

議論：性格の定量的な評価方法について

・何次元でヒトの性格をとらえるべきか、どうやって課題を決定するか。

　-論文の中ではビックファイブ理論 Big Five Inventoryを用いて個人性格データを評価した

　→Extraversion 外向性

　　Agreeableness 協調性

　　Conscientiousness 誠実性

　　Neuroticism 神経症傾向

　　Openness to Experience 経験への開放性

　さまざまな研究から、ビッグファイブというこの５つの特性は、文化差・民族差を越えた普遍性を持つものとされている

　しかし、これで足りるのか。性格のどんな面が行動決定の要素となるのか。

　-性格の数の決定

　→データとしては性格要素ベクターが多ければ多いほど正確になるが、計算の難しさは？

・性格形成の要素は

　-経験則のよる性格因子ー主の原因

　→親の行動を見た経験

　　自分で試した経験

　-遺伝的に決まる性格因子ーわずかの一部

・もし、未来に神経学的に脳の各領域（サイズ、活動量）を読むことができれば、性格の全部が分かるのではないか

[MBC2014] 22-6,7,8,9 細胞移動と脊椎動物の体形成,マウスの発生,神経の発生,植物の発生

担当：安澤
参加者 ：8名

節の概要

22-6：主に細胞移動から見た脊椎動物の発生
22-7：マウスや哺乳類の胚や発生の特徴
22-8：神経細胞の発生・発達、ネットワーク形成
22-9：植物の生長・発生・組織形成

議論点

 

植物の遺伝子変化情報を基にした環境推定

• 植物(細胞)の特徴
• 環境の影響を受けやすい
• 細胞や全体の外形
• 動物と比較して、
• 個々の細胞が独立している傾向（挿し木）
• エピゲノム情報の差異
  →組織という意味では動物の方が細胞記憶が重要
• 使えそうな情報
• 現在の遺伝子発現
• 植物の場合過去を見るのは難しそう
• 細胞や全体の外形
• 常時モニタリングできれば…
•  例として遺伝子発現量であれば内・外の環境を反映している
  →内部環境を表すものは記憶と言ってよさそう
• 同じ種の過去のサンプルから
• 例：炭素同位体から大気組成推定
• 分かりそうなこと
• 天候
• 例：農作物の収穫量
• 土壌環境→不足している栄養素
• 見た目では分かりにくいが遺伝子発現量を見ればすぐ分かりそう
• 細菌など
• 農業への応用
• 栽培している植物の遺伝子情報から最適な土壌を提示
• 遺伝子発現を見て不足している栄養を知る
• ダンプリング方法は？

◯まとめ
植物の遺伝子発現は環境の影響を受けやすいものの、過去の状態を推定するのは難しそうである。一方、現在の遺伝子発現状態は環境を反映していると考えられるから農業などへの応用は可能ではなかろうか。

[MBC2014] Top of the crops

担当：寺嶋
参加者：8名

概要：
紙とバイオ燃料の生産に使われているユーカリの木に早く成長させる遺伝子操作を実行し、現在ブラジルで育成中

議論：
「遺伝子組み換え植物による遺伝子汚染について」

・汚染？多様化？
　- 組み換え遺伝子ではどんな影響が出ると考えられるか
　　- 現在使われている例
　　　- 効果
　　　　- 薬剤耐性
　　　　- 害虫耐性
　　　　- 耐病
　　　　- 熟す事を遅れさせる
　　　　　- 農家的にはこちらのほうが楽かもしれない
　　　　　- 例：フレーバーセーバー
　　　→ 味に関してはあまり使われていないのは品種改良で十分だから？
　　　- 組み替えの方法
　　　　- 発現コントロール
　　　　- 遺伝子の導入(他生物の遺伝子の導入)
　　　　- 品種改良(同種同士の遺伝子の導入)
　　　→ 他生物の遺伝子の導入よりは他の方法の方が危険度は少ない
　　- 遺伝子を伝達する手段
　　　- 受粉
　　　- 微生物
　　- 考えられる悪影響
　　　- 耐性株が野生化
　　　- 食べられないものが出来てしまう
　　　- 組み換え株の野生化や受粉による固有種の減少
　　　　- 外来種による固有種の減少との違いは？
　　　- 雑草の薬剤耐性増加
　　　→ 結局農薬を撒く限りは耐性株がいつかは現れてしまう

・環境への負荷の定量化
　- 現在の農業のように狭い範囲に一種類だけ育てるのは環境への負荷が元々大きい
　　- その上に些細な量でもさらに負荷をかけると影響が大きく出る
　　　- 将来的には外界から隔離された工場で作物を作る方が環境への影響は少ない？

まとめ：
遺伝子組み換え作物についての話題から始まり、遺伝子組み換え作物の現在の状況から考えられる環境への悪影響について話し合いました。